Pois é, os impostos pesam demais e o retorno é zero - ou negativo, se vc considerar a falta ou ineficiência dos serviços básicos.
Não posso te incentivar e agir dessa forma, mas antes de tomar sua decisão, verifique se a empresa aceita MEI e vá atrás de mais informações na internet. Antes, vc tinha que procurar a prefeitura da sua cidade para ter acesso ao sistema deles para emitir as notas fiscais de serviço, mas parece que agora vai ser direto no site da receita ou no Portal do MEI. Talvez fizeram isso para aumentar a fiscalização, ou vai saber...
Emita a nota fiscal com o valor exato que vc recebeu pela empresa, na descrição pode ser algo simples "nota referente aos serviços prestados em setembro de 2023", etc. Veja se pode tirar mais dúvidas com um contador/financeiro da empresa.