Primeiro passo é investigar os logs do apache e do servidor todo em busca de algum erro que ocorra no momento da queda.
Já fez isso? Tem o horário exato das quedas? quantidade de usuários no momento?
Em resposta a Problemas de lentidão/quedas em uma aplicação web
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Nos logs não aparecem nenhum tipo de erro.
As quedas acontecem em horário de pico, normalmente na parte da noite.
Como mencionei, em horário de pico tem cerca de 300-400 usuarios ativos simultaneamente.