ME e EPP se referem ao porte da empresa, então depende do tamanho da empresa, não é uma questão de escolha.
Um programador não pode ser MEI, assim como não tem médico ou engelheiro MEI, pois é uma modalidade criada para tirar trabalhadores da informalidade e dar a eles algum tipo de segurança, como aposentadoria, assim como permitir a emissão de notas fiscais. Quem usa MEI para trabalhar como programador corre risco de ser cobrado pelo governo no futuro, pois a prova do crime fiscal está registrada em todas as notas fiscais emitidas. O MEI foi feito para formalizar atividades não intelectuais, como um sapateiro, carpinteiro, etc: https://www.contabilizei.com.br/contabilidade-online/atividades-mei-tabela
Eu pessoalmente criei uma empresa ME na modalidade Ltda pelo Contabilizei e tudo foi feito pela Internet em questão de dias.