Bem, geralmente a empresa vai prover um computador e dizer como que eles trabalham e provavelmente vai ser windows pois é o mais popular e todos sabem mexer. As empresas que pedem conhecimento sobre linux na vaga provavelmente é porque hospedam suas aplicações em servidores linux, mais comumente o apache.

Eu particularmente acredito que quem é da área de TI, seja desenvolvedor, analista de redes ou de dados deve pelo menos uma vez na vida aprender a usar o Linux, não precisa virar um expert, mas pelo menos baixe umas imagens, instale e tente mexer, configurar, se familiarizar com o terminal e aprender alguns comandos. Isso melhora muito seus conhecimentos na área.

E claro, no mínimo deve tentar até conseguir, instalar e configurar um sistema com o famigerado Arch Linux hehehe, é um grande aprendizado.