Existem cursos de engenharias em universidades públicas voltadas/ênfase para Sistemas Embarcados. Porém, a linha da ênfase pode pender para engenharia da computação ou engenharia elétrica.
Faço na UFPR, e o curso é muito voltado para engenharia elétrica/eletrônica, e a ênfase para embarcados (programação, iot, s.o, hardware e firmware etc) não chega a dar 10%, e isso chega a ser frustrante. Já na USP são carlos, pelo que sei, o curso é uma vertente da engenharia da computação, e pode ser que a grade de cursos seja de fato voltada para embarcados.
Como trabalho como desenvolvedor de embarcados atualmente posso te falar que é bem diferente e quase nunca vai aplicar back-end junto ao desenvolvimento de hardware e firmware. É meio difícil você se especializar e fazer mais de uma tarefa. Porém, se você é novo e está na fase de escolher um curso, ambos vão te alinhar em áreas prósperas e moldar tua capacidade de estudo e autodidatismo, e tudo bem migrar pra outro curso ao longo do tempo se estiver decidido.