Acho que muitas ferramentas tem versões web ao mesmo tempo que há versões nativas para desktop por exemplo. Mas, mesmo aplicações desktop podem ser feitas com frameworks web como o tauri ou o electron.

Normalmente se faz isso pra reaproveitar o conhecimento de quem está fazendo.

E vendo o meu caso que sou usaário de Arch + Hyprland que é um tiling manager a filosofia de trabalhar nesse workspace é usar o máximo de ferramentas de terminal. Então meu workflow de trabalho sempre olha para tentar sempre usar ferramentas que eu consiga me resolver, tem pessoas que vão ao extremo de usar um navegador no terminal, mas acho meio pouco prático.

Tendo em vista isso acho que ferramentas feitas como apps web seja desktop ou app mesmo são usadas por que quem faz tem mais práticas nessas ferramentas, mas caso a pessoa não queria usar esse tipo de ferramenta sempre existem alternativas feitas nativamente um exemplo é ao invés de usar uma ferramenta de editor de imagens que seja pela web da pra usar o GIMP que é nativo.

Vai da necessidade da pessoa mesmo. E do que ela quer. Não acho legal por exemplo vir aguém aqui e falar algo como "você devia usar interface gráfica, tiling manager é perda de tempo". A vida é minha o tempo é meu e eu invisto no workflow que eu acho mais interessante pra mim, não incentivo ninguém a usar (além de já ter feito um video mostrando meu workflow) e nem critico o workflow do amiguinho, cada um usa o que gosta e se sente mais produtivo e todos seguimos a vida felizes e contentes.