Acredito que o um dos pontos que mais levo em consideração é receber o salário na minha mão. Eu mesmo faço minha previdência há anos, então prefiro ter alta liquidez pra caso eu precise. Caso o governo decida não liberar seu FGTS você fica na mão. Claro que sempre levei em consideração na hora de decidir, mas em quase todas vezes que fui aprovado pra uma vaga eu não tinha opção CLT ou PJ, a proposta sempre vinha com apenas 1 (PJ ou CLT), eu não poderia escolher.
Isso não quer dizer que CLT é ruim, de maneira alguma, acredito que existam devs que não consigam separar uma grana pra fazer uma boa previdência, então nesse caso sugiro CLT.