Gostaria muito de saber como você paga apenas 6% de imposto sem estar pagando IRPF/INSS (a não ser que você fature menos de 7,5K/mês aí faz sentido, nesse caso você entra na isenção de IRPF).

Isso porque para você pagar 6% de imposto, você precisa aplicar o Fator R... logo você precisa pagar INSS/IRPF. Não existe CNAE de desenvolvimento de software fora do Anexo V (imposto de 15,5%), estes podem migrar para o imposto do Anexo III (imposto de 6%) se e somente se for retirado 28% do faturamento em pro labore com os devidos pagamentos dos impostos retidos na fonte.

A única forma de não cometer elisão fiscal é a partir do Fator R, implicando em INSS/IRPF. Do contrário só vejo desvio de atividade, o que na malha fina é sonegação. Porém se foi descoberto algum caminho, adoraria que pudesse compartilhar.