Primeiro, não é possível trabalhar com desenvolvimento de software utilizando o MEI. Na verdade o que é feito é uma "gambiarra" fiscal para o MEI ser contratado. Nesse caso o CONTRATANTE tem que aceitar que a nota fiscal irá com a discriminação errada. Esse tipo de solução configura sonegação de impostos e pode cair na malha fina, resultando em impostos pagos retroativamente e multa. MEI também precisa declarar imposto de renda e é aqui que a maioria é pego, porque muitos não sabem que precisam declarar e outros que declaram podem chamar atenção dependendo do valor declarado (se não souberem como). Não compactuo com MEI para devs, mas cada um faz o que quer. Empresas no Simples só pagam imposto se emitem nota... embora os impostos sejam mais altos, você pode repassar isso durante o seu orçamento.

Sobre a precificação depende da sua experiência, como CONTRATANTE não pagaria 16K por um projeto para um CONTRATADO sem portfólio ou com menos de 2 anos de experiência. Tudo depende do seu tempo de experiência. O valor base/hora de software para prestação de serviço sob demanda costuma ser 75,00/hora. Um website institucional como esse levaria 95 horas úteis para ser desenvolvido, próximo do valor que você informou. Se você tem uns 5 anos de experiência consegue dobrar para 150,00/hora. Atualmente minha hora é, à exemplo, 360,00/hora no mínimo (dependendo das tecnologias envolvidas). Um projeto como esse na minha mão ficaria mais de 20K, com certeza. Mas eu tenho muitos anos de experiência e alta procura.

Você tem que considerar que se você avaliou o trabalho muito grande, talvez isso esteja relacionado a sua experiência. Como contraponto, vejo esse trabalho de forma muito tranquila com uma entrega em 45 dias ou menos (se eu tivesse com a agenda tranquila/média). Logo, como a eficiência de entrega muda de profissional para profissional, isso também varia o preço. Se você demorasse 3 meses para fazer, você não pode, em tese, cobrar o mesmo que um profissional que levaria 45 dias. Você provavelmente perderia a disputa.