É bem simples.
Seja CLT se não quer gerir seus recursos para o futuro(previdencia por exemplo).
Seja PJ se quer gerir seus recursos para o futuro(previdencia por exemplo).

CLT o governo abocanha uma parte, o empregador tem que pagar a mais, com isso o salario é menor.
PJ o empregador não precisa pagar os impostos, com isso o salario é maior.

Resumindo, seja CLT se quer que o papai estado tome conta de uma boa porcentagem do SEU dinheiro ou PJ se quer o inverso.