Esse e um dos meus questionamentos, tambem priorizo a posse dos arquivos, pelo que entendi o obsidian gera arquivos .md locais, logo você pode usar outros aplicativos para efetuar a leitura dos mesmo, incluindo o proprio bloco de notas na ultima versão e isso já é o necessário em sua versão gratuita, porém ainda tenho que pesquisar mais a fundo e testar essa soluções.