Na minha vivência a contratação PJ faz bastante sentido.
Primeiramente por diminuir a burocracia de uma contratação, gerando mais empregos.
Em segundo lugar, quem é contratado CLT "não precisa" - entre várias aspas - fazer reserva financeira porque está terceirizando essa função para o estado. Nesse caso entra uma questão de princípios: quem você acha que é mais qualificado para cuidar do seu dinheiro?
No meu caso eu gosto de ter a ciência de como o meu dinheiro está sendo gerenciado, e acredito que a CLT contribui para uma cultura de diminuição da inteligência financeira. Não estou dizendo que todos deveriam ser experts em contabilidade, mas acho que qualquer pessoa que deseja estabilidade financeira deveria conhecer o básico.
No mais, é tudo uma questão de contratos. Você pode, como PJ, ter um contrato que te dê mais segurança em caso de demissões inesperadas.
Empresas mensuram os seus objetivos e estratégias através de um único mecanismo, o lucro, e não é imoral, apesar de ser bem triste, cortar colaboradores.
(Não acho que seja ruim visar o lucro, mas fica pra outro momento o debate ksksk)
Se eu fosse dar um conselho, diria pra optar sempre por PJ, mas assim como você disse, há pontos a serem colocados na balança, como por exemplo o compromisso consigo mesmo de ser organizado financeiramente.
Essa é minha humilde opinião, mas é realmente um tema cheio de nuances a serem discutidos, adoraria ver mais visões sobre isso, comentem aí.