Java está LONGE de ser ultrapassado e não apenas de legados, tem MUITA coisa nova sendo feita em Java.
Java é enterprise.
Eu não coneço o mercado .NET por isso não consigo determinar seu uso.
Se você for fazer um projeto pessoal sinta-se livre pra usar o que quiser agora em empresas eles usam e muito Java.
E não falo de legado não, falo de coisas novas, inclusive migração de linguagens.