Você esta começando, é normal acontecer isso. Mas pelo menos voce ja ganhou uma experiência com a linguagem.

Acho que pode servir de estimulo para que voce realmente va atras de conhecer como um banco de dados funciona, escolhe um (indico mongodb) e descobre como ele armazena os dados no disco, como ele busca esses dados, por que ele é mais rápido do que só guardar os arquivos json. é um conhecimento bem legal de ter.

E quem sabe voce acaba realmente recriando um banco que guarda jsons porem de uma forma melhor? seria legal recriar um Mongodb por exemplo. Só nao pode deixar ele responsavel por rodar a regra de negocio, ele serviria apenas para guardar jsons.