Eu leio PDF no computador quando o livro aborda algo voltado a prática ou tutorial, prefiro físico e no Kindle quando o livro eh teórico.
Por exemplo, o livro Algoritmos: teoria e prática do Cormen eh impraticável de se ler no Kindle na minha opinião, pela extensão e a necessidade de consulta durante o estudo de um capítulo, ja versão em PDF me sai bem melhor.
Agora livros da como Clean Code, Programador Pragmático e outros, prefiro bem mais na versão kindle, seguida da versão física.