É bem difícil dizer o que o pandas sugere, como o @DeividBraian disse, o pandas também trabalha com pipelines.
Então o que eu consigo enxergar são 3 padrões até agora. O jeito pythonico, chained methods e pipes.
E eu acredito que devemos usá-los dependendo da situação.
É bem difícil dizer o que o pandas sugere
Eu quis dizer que o pandas sugere o uso de imutabilidade, por que digo isso? porque as três formas que você citou "o jeito pythonico, chained methods e pipes" não alteram dados, eles criam dados novos. Para alterar, você precisa explicitamente indicar ao pandas que você quer fazer isso atrávez do parâmetro inplace.
Ou seja, por padrão o pandas usa imutabilidade, pra mim, isso é uma clara sugestão. Entende?