Olha, eu também programo nas duas, você não precisa escolher uma preferida e usar para tudo, eu gosto de PHP para a web se bem que a framework Java Spring Boot está deixando as coisas tão fáceis quanto ao PHP.
Continuando, e gostoso de usar Java para usar no Desktop, banco de dados etc.
Também programo scripts Autohotkey v2 quando preciso automatizar algum software, de jogos a tarefas repetitivas no trabalho.