Que problemão em mãos!

Pelo que você expôs - Windows idle enquanto a bateria ia pro espaço, instalação nova do Windows restaurou a autonomia da bateria, etc - eu só consigo pensar em bug do Windows ‍️‍🤷🏻‍♂️.

O SO gerencia a saúde da bateria com diversas informações, incluindo voltagem, ciclo de carga, temperatura, etc. Se com todas essas variáveis o Windows assumir que sua bateria está ruim, ele vai assumir que a carga está baixa. Daí sua bateria vai de 100% a 0% em 2 minutos, por exemplo.

O Android (pelo menos até o Nexus) gerencia a saúde da bateria em um arquivo. Quando eu tive problema de bateria no Nexus, encontrei no fórum XDA um arquivo de sistema que basicamente informava ao SO a saúde da bateria. Esse arquivo era sempre atualizado pelo Android.

O fato é que o SO guarda informação sobre a bateria, como a capacidade atual total, por exemplo. Então se para uma bateria nova de celular de 4000mAh significa 100%, depois de 2 anos, esse valor vai cair para 3500mAh, 3000mAh, e isso é atualizado nesse arquivo.

A única pista da saúde da bateria para o SO está nesses arquivos. Como você disse, quando você faz uma instalação nova do Windows, a capacidade da sua bateria volta ao normal, o que faz sentido no seu caso. Com o tempo, por bug ou mal gerenciamento do próprio Windows, essa informação se desatualiza e o SO assume que você está com uma bateria ruim.

O Windows gera relatórios da saúde da sua bateria, mas tá na cara que não dá pra confiar nesses reports. Uma alternativa são programas que você pode acompanhar o real desempenho da sua bateria (como capacidade em mWh e voltagem). O Battery Info View parece ser uma boa opção.

Enfim amigo, boa sorte na investigação e esperamos novidades. Espero ter jogado alguma luz no problema e no que puder ajudar mais, conte comigo.