Eu também uso o Notion e testei ambos, no fim, a curva de aprendizado do Obsidian é um pouco menor, ou seja, demora mais pra você pegar as coisas.

Mas fora este gráfico de grafos que ajuda a organizar bastante as coisas ele também tem plugins que permitem rodar o código dentro da própria nota.

Entretanto, mesmo com estes prós, optei pelo Notion, pois até um toggle (opções de recolher e expandir conteúdo) no Obsidian acaba sendo mais trabalhoso através de plugins e praticamente com uma sintaxe própria. Assim como a organização de tabela do Obsidian tem uma padrão muito furreca e uma tão boa quanto a do Notion, mas com uma sintaxe própria.

Ou seja, por ser através de plugins open-source o Obsidian tem muito mais funcionalidades, mas por cada um implementar do seu jeito, a maioria deles acabam trazendo enorme complexidade na hora de aplicar e aprender a usar. Para mim uma anotação precisa ser, acima de tudo, rápido e fácil de se usar.