Bom, eu prefiro usar o Tor mesmo, por algum motivo o Brave bloqueia varios .onion que eu tento acessar, mas acho que é uma configuração minha que da pra arrumar.

Dificilmente terá a mesma eficácia. Apenas um exemplo: O Tor Browser irá bloquear plugins de browser tais como Flash, RealPlayer, QuickTime, e outros, uma vez que eles podem ser manipulados para revelar o seu endereço IP.
No fim, não tem um motivo bom o bastante para usar o Brave ao invés do Tor Browser para acessar a rede TOR.