Não é crime dev trabalhar como PJ, é crime a empresa contratar um PJ e achar que ele é funcionário da empresa. Contrato de PJ é uma empresa prestando serviço para outra empresa, ponto.
Ou seja, a empresa contratante não pode exigir horário, não pode exigir trabalhar em dias X ou Y, não pode exigir presencial nem pode exigir que seja o dono da empresa quem vai efetuar o serviço. Se o PJ quiser colocar o sobrinho dele para fazer o trabalho na Terça-Feira porque ele vai estar ocupado, ele pode.
É nisso que as empresas falham, elas contratam um prestador de serviços (PJ) e ficam querendo fazer exigências como se fosse um funcionário. Isso é crime.