Bom, minha primeira sugestão é estudar a base (lógica, algoritmos e estruturas de dados), que aí vc consegue se dar bem em qualquer linguagem (o básico não costuma mudar tanto assim). Aí não tem jeito, acho que um curso pago acaba sendo a melhor opção. Cursos grátis vc até acha, mas hj em dia tem tanta picaretagem que fica difícil separar o joio do trigo (até entre os pagos já tá meio difícil). E é muito questão de gosto e com qual método de ensino vc se adapta melhor, por isso fica complicado sugerir qualquer coisa aqui (provavelmente alguém vai aparecer fazendo propaganda do que gosta e/ou do próprio curso, eu prefiro não ser tendencioso, desculpe).

Sobre as linguagens específicas, vale o que falei: documentação é melhor se vc já sabe o que procurar (da mesma forma que não adianta procurar uma palavra no dicionário se vc não sabe como formar uma frase). Enfim, pra Java tem os tutoriais oficiais, pra Python também tem, PHP idem. Para começar, é um bom ponto de partida (mas cuidado com PHP, a parte de exemplos é feita por voluntários, e nem sempre são bons). Depois, conforme for avançando, pode buscar no Google por tutoriais específicos, dependendo do tópico que tiver dúvidas. E como já disse, se possível leia em inglês (as versões em português são mal traduzidas e algumas contém até mesmo erros grosseiros).