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Sempre que trabalhei com multi-tenant eu tinha uma tabela para mapear o domínio da aplicação:

iddomain
1example.com
2example.org

o id dessa tabela era o tenant_id de todas as outras.

sendo assim a cada tabela que pesquisava no banco de dados eu filtrava por esse id.

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Agradeço pela resposta, Pilati!
Atualmente tudo fica em um dominio único (independente do tenant), apenas os dados precisam ser retornados com base no tenant do usuário logado.