Meus 2 cents:
Tem as duas formas: voce recebe e depois repassa e repasse direto no recebimento - tambem chamado "split".
Qual a melhor ? Depende da forma que seu negocio funciona. Geralmente tenho visto de forma mais comum a primeira: voce recebe e depois repassa, ate porque as vezes a plataforma de pagamentos demora para repassar, tem as taxas dela e ainda a questao de ressarcimento (devolucao) para produtos digitais dentro de 7 dias.