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Fala Italo, muito massa você compartilhar isso... Essas perguntas são exatamente as que eu me fiz por um bom tempo. Vou tentar te ajudar a responder essas questões me baseando na minha experiências com livros, não necessariamente programação.

Então vamos lá:

· PDF ou Livro Físico?

As diferenças entre um livro físico ou PDF, são mais motivados por costume e gosto do que qualquer outro parâmetro.
Eu acho o Kindle mais útil, dependendo do ambiente, o kindle cansa minha vista muito menos do que um livro físico.
Mas eu ainda sim, uso mais o livro físico. Veja o que é mais eficiente para você.

·"Para estudos os livros físicos não ficam defasados rapidamente?"

Creio que essa é a pergunta de maior relevância aqui. Antes de buscar responder essa pergunta, eu te pergunto:

  1. Qual é o objetivo do livro que você está estudando?
  2. Qual é o seu nível na programação?

Não quero te deixar mais em duvida, então usando de exemplo o livro que você citou como o "Clean Code", um livro que todo mundo recomenda e é de 2008. Clean code é um livro sobre insights quase que atemporais, com um único objetivo, que é tornar um programador mais claro, que produz códigos mais fáceis de dar manutenção, que produz códigos mais limpos. Aqui você não vai aprender um framework que amanhã pode lançar uma atualização que quem não acompanhar vai "estar um passo atrás", entende? Não é o objetivo desse livro.

Agora pensando no seu nível de programação, livros básicos dificilmente estarão defasados. Normalmente as linguagens possuem uma base sólida, que o muda com o passar das atualizações não é toda a sua estrutura, mas sim os seus métodos, uma melhor forma de fazer e/ou realizar aquela tarefa, entende? Então, o que é uma passo, pra quem já aprendeu a correr?

· Como estudar kindle/livro físico?

Você deve ver a melhor forma de estudo para você, o que funciona para mim, pode não funcionar para você. Mas uma forma que eu geralmente estudo é foleando o livro e vendo o que realmente é relevante, após separar o que de fato é importante eu me aprofundo no que eu vi e busco projetos que aquilo é praticado de forma clara, com isso eu consigo mais ainda distinguir o que é relevante, do que é desnecessário naquele momento.

Enfim, espero ter ajudado de alguma forma.
Abraços!

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