Geralmente, se é um curso online, eu crio um HTML no qual já tem um css e js personalizado que gera um menu no topo para cada H2 que eu utilizar, vou separando as aulas por títulos em H2, e com HTML sou livre pra usar vídeo, imagens etc, depois eu faço upload para um site pessoal para que eu possa consulta.

Cursos online, para cada tópico importante eu vou pausando o vídeo e escrevendo o HTML.

Agora no trabalho no dia a dia (coisas da empresa, reuniões, procedimentos, etc) , eu uso o markdown mesmo, separado por pasta, e como editor principal de anotações uso o vscode, para HTML também.