Acabei de tentar e também não deu certo...
Quando eu estou com o aplicativo da conexão aberta ele funciona o click, porém quando eu coloco o programa para rodar e fecho a VM o código executa sem erros e não executa o click, pelo visto ele tenta realizar o click porém por não ter um mouse lá dentro o click de fato não ocorre.
Respondendo a "tentou usar o autohotkey ?" dentro da publicação Mover o mouse usando Python em uma máquina virtual [RESOLVIDO]
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