Eu acho que dos problemas que as tecnologias modernas resolvem vão muito além de só transições mais bonitinhas.
Se esse fosse mesmo o carro-chefe, já teriam morrido quando começaram com essa história de SSR.
No meu ver a criação de componentes, código mais declarativo, e reatividade que são o Core do desenvolvimento moderno.
Então até lançarem Signals ou algo do gênero de forma nativa, e melhorarem os Web Components dificilmente vão "matar" essa nova leva de frameworks.
No meu ver, a ViewTransition API é muito mais uma feature a ser absorvida por eles do que uma forma de substituir.
Mesmo com HTMX você não se livra do estado no client-side, aplicações que não isso e só fazem as coisas baseadas em AJAX, já não precisariam muito desses frameworks em primeiro lugar, então ele não resolve bem o mesmo problema dos frameworks modernos, e sim um problema tangencial. As pessoas continuam utilizando eles, ou por erro num overengeneering, ou pelos benefícios do modelo de componentes para a organização do código, que tendem a serem melhores que as soluções oferecidas por template engines no back-end. Logo, ViewTransitions não seria a solução para isso, e sim os Web Components