Muito Obrigado Wellington, me salvou muito, é minha primeira vez desenvolvendo em desktop, estava sofrendo muito com essas restrições quando instalava em pastas protegidas, não sabia mais o que fazer, salvei o arquivo de configuração em "C:%HOMEPATH%\AppData\Roaming" e mudei o código da aplicação para buscar o arquivo lá, e foi tranquilo, me salvou muitoo!!
Respondendo a "Alterar um arquivo appsettings na pasta de inst..." dentro da publicação [AJUDA] Execução de scripts powershell com permissão elevada utilizando Wix tool set
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