Bom eu sou bem iniciante em programaçao e nao faço ideia de como manipula banco de dados ou api de pagamento mas oque eu faria no seu lugar seria tentar escrever o codigo do e-commerce em uma linguagem que eu ja esteja familiarizado (no seu caso javascript)
e sei que tem o typescript tambem eu ouvi falar que ele é mais comum de ser usado em projetos grander e talvez ele seja uma boa para um e-commerce
valeu !!!!
higor.