mano, ta dificil de tu entender esse bagui. casos que você não passou ou não sabe dizer uma solução mais eficiente chama de "malabarismo", isso é atitude pequena.
se tu escreveu um código em Java, C, Python ou JS.. e ira gerar docs com doxygen, a imagem de doxygen (ex, da greenbone) não vem nenhuma linguagem de script além do shell original. (e nem deveria vir para manter a imagem limpa)
se usar o proprio python do projeto para fazer um script de filtro você vai precisar criar um dockerfile só para geração de documentação.
agora, se fazer um script de filtro escrito em uma linguagem compilada e montada dentro do volume sem precisar fazer nenhum docker build.
docker run --rm -v $(pwd):/app -w /app greenbone/doxygen:latest doxygen
dentro do Doxyfile
INPUT_FILTER = ./doxfilter
e denovo, se fez um script em python com features de 3.10 e a pessoa tem python 3.9 não ira rodar. agora além de existir pouca atualizações de features em C++ é padrão fazer checkagem se o recurso existe e é muito mais facil porque você verifica muitos de uma vez só.