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O deploy da app com mongodg pode ser feito no site render.com por exemplo. Existem outros por aí. Já o banco mongodb pode ser "contratado" em outro site especializado. Geralmente a app e o banco de dados ficam em servidores distintos.

O "pulo do gato" nessas apps é o seguiinte: Existe um arquivo .env com a string de conexão do banco de dados. Geralmente o arquivo .env está no gitignore, pois a string de conexão JAMAIS DEVE SER COMITADA pro repositorio. Esse .env é usado SOMENTE no ambiente de desenvolvimento. Nos ambientes de produção, o .env é subsitutido pela configuração de Environment da plataforma.

Por exemplo, no render.com é aqui:

Cada plataforma tem o seu lugar de configurar isso.

Se vc ainda tiver duvidas, só perguntar !!

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Sempre tive dúvida sobre esse lance de variáveis de ambiente, e pelo nome sempre achei muito complexo, mas movido pelo seu comentário fui pesquisar mais e cara, bem simples até! Não sabia antes como deixar protegido informações mais sensíveis.

Obrigado por compartilhar!