Tava discutindo sobre isso hoje, estou inclinado a abrir essa discussão.

mas o que posso te adiantar é que o regime PJ (Pessoa Jurídica) é o que eu descrevi acima: uma relação B2B (Empresa com Empresa, do inglês Bussiness 2 Bussiness) regulada por um contrato.

e a CLT (Consolidação das Leis do Trabalho) é o famoso "carteira assinada": 13° salário, férias remuneradas, seguro desemprego, ...

Normalmente, PJ tem salário maior, mas vc não tem nenhum desses beneficios; o motivo disso é porque no regime CLT quem paga por todos esses benefícios é o seu empregador e, caso seu contrato não aborde tais termos e sua precificação não considere isso, no regime PJ você vai acabar recebendo menos quando fizer a conta.

PJ tem que saber fazer conta para não sair no prejuízo, se não quiser seguir o caminho de se profissionalizar em empreendedorismo escolha a CLT.

a principal diferença desse regime de contratação nas empresas é que um contratado CLT tem 3 características principais: salário, metas e horário. Enquanto o colaborador PJ é um prestador de serviço para a empresa que o contrata, não devendo este ser subordinado aos empregados da empresa e seguir normas estabelecidas fora do seu contrato de trabalho (uniforme, bater ponto e trabalhar presencialmente são exemplos).

Vou consolidar um artigo com mais detalhes e trago mais pra frente.