por ser bem minimalista e simples

E isso vem com um preço que é a perda de praticidade:

Ajuda a te ajudar:

• Que ambiente gráfico?
• Que programas?
• Como instalou/baixou?

Outro problema que estou enfrentando é que quero criar atalhos no desktop para alguns programas

Para a maioria dos ambiente: abra o menu de apps e arraste pro desktop
Para o GNOME: instale a Dash to Dock ou Dash to Panel -> Abra o app -> Clique no ícone na barra -> "Pin" ou "Fixar"