Em resumo, estou optando por usar apenas o git na maquina e fazer meu proprio "Github" no meu servidor proprio, não consigo mais confiar no Github.
Calma aí que você deu um salto lógico enorme, primeiro que seu problema foi com Authy e não GitHub, segundo que quando você configura o 2FA o GitHub te dá os 16 códigos de segurança justamente para que você consiga recurar a conta em casos como o seu, porque raios voc~e não baixou?
E nem dá pra dizer que não sabia porque o GH coloca um banner enorme:
Keep your recovery codes in a safe spot
If you lose your device and don't have the recovery codes, you will lose access to your account.