No projeto que estou trabalhando atualmente não uso Docker, então, em produção, eu crio um serviço `systemd` que fica responsável por gerenciar minha aplicação, vc pode ler [mais sobre isso aqui][1]

No arquivo de configuração do serviço, na seção `[service]`, eu adiciono a propriedade `EnvironmentFile`, que permite especificar o caminho do seu arquivo `.env`.

Seguindo o exemplo do link acima, ficaria tipo assim:

```
# ...
[Service]
User=myapp
Group=myapp
EnvironmentFile=/path/to/your/.env
Type=exec
ExecStart=/path/to/java/home/bin/java -jar /var/myapp/myapp.jar
WorkingDirectory=/var/myapp
SuccessExitStatus=143
# ...
```

[1]: https://docs.spring.io/spring-boot/how-to/deployment/installing.html#howto.deployment.installing.system-d

No projeto que estou trabalhando atualmente não uso Docker, então, em produção, eu crio um serviço systemd que fica responsável por gerenciar minha aplicação, vc pode ler mais sobre isso...