Existem convenções, e é altamente recomendável segui-las. Seu projeto vai funcionar com qualquer organização de pastas? Sim, mas imagina quando começar a crescer, você vai contratar devs e os mesmos terão grande dificuldade de entender as coisas. Entre outras coisas é claro. Cada projeto e cada linguagem tem suas proprias convenções, não tem algo genérico para isso, mas sim, você precisa se preocupar desde já com isso ou depois será mais complicado para estabelece-las e segui-las.

Da uma olhada em Remix, Next e seus amigos, eles que gostam muito de estabelecer suas convenções e é uma boa ideia segui-los.

Como eu disse, vai depender da tecnologia que esta usando.