Para publicar em produção, projetos complexos e com muitas alterações usa-se uma automação do Workflow no proprio Git, composer, filezilla você só vai encontrar essas praticas em projetos pequenos e muito simples. Um simples Pull publica tudo, reverte, faz backup, deixa tudo rastreavel.
Respondendo a "O senior da empresa em que trabalho usa Filezil..." dentro da publicação Por que PHP paga tão pouco atualmente?
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