A mais comum é MVC mesmo, com a utilização do Laravel.

Particularmente não vejo motivo para não utiliza-la de forma geral.
O que você pode alterar são as arquiteturas de manupulação de informação e comunicação do MVC.
Exemplo:

• Aplicação de Domain, para organizar o fonte.
• Utilização de microserviços (vários MVC) atuando sobre uma api gateway, para gerenciar a carga de requests.

Em fim, não existe regra, cada caso deve ser avaliado de acordo com a realidade, é muito fácil cometer um over engineering.
Seria interessante informar o que seria a proposta do projeto, para podermos dar um feedback mais preciso. Servidor que vai rodar, acessos por minuto, quantidade de usuários... Quanto mais informação melhor.