Segundo a documentação do WhatsApp Business API, ela foi criada para médias e grandes empresas, não para pequenas:

The WhatsApp Business API allows medium and large businesses to communicate with their customers at scale.

Clientes pequenos devem utilizar os serviços de parceiros, como a Twilio ou a brasileira Zenvia.

Em termos de conhecimentos, não há muita dificuldade, geralmente se usa APIs REST e, dependendo da linguagem, é possível encontrar libraries que encapsulam essa API, facilitando o desenvolvimento.

Em termos de problemas, o primeiro deles é custo. A Meta (dona do WhatsApp) cobra por número de conversas e mensagens enviadas e recebidas. Seguem os links com as tabelas de preço da Meta, Twilio e Zenvia. Vale lembrar que tanto a Meta quanto a Twilio fazem a cobrança em dólares.

Além disso, a Meta possui algumas regras para altos volumes de envios e algumas outras regras, que você pode ver aqui.