A finalidade principal do NextJS é o Server Side Rendering, para isso, ele precisa ter parte (ou o que vc desejar) rodando no servidor, para executar o código que vai ser processado/renderizado no server e não no cliente.
Mas essa é a primeira pergunta que vc se faz para decidir utilizar NextJS ou "React puro": Preciso do webapp rodando SSR?
Tirando proveito disso, você pode ter todo o seu backend no próprio NextJS sim. Mas arquiteturalmente, isso não significa que não faça sentido ter um aplicação de backend a parte desacoplada desse NextJS.
Alguns possíveis motivos para isso:

• Como eu já mencionei ali, desacoplamento. Você pode querer independência entre o frontend e o backend, mas ainda querer ter ser frontend rodando no Server Side, logo não dá pra ir pro "React puro";
• Seu time de backend é mais proficiente em outra linguagem (Java, PHP, Go, que seja);
• Analisando os requisitos do seu negócio, outra linguagem atende melhor as necessidades de backend (ex: vc quer tirar vantagem de todo o ecosistema da JVM (logo, vai de Java, Kotlin, Clojure, Scala, etc no backend);
• Sua arquitetura de backend é baseada em microserviços;
• entre várias outras possibilidades para se decidir por NextJS + uma api de backend