Além das que o ksmkayk citou eu adicionaria na lista a do mercado pago, quando precisei de usar foi bem tranquilo e não enfrentei nenhum problema, além da documentação ser bem completa. Pelo que vi aqui também tem o SDK deles para nodejs que acredito que te ajudaria bastante nesse processo todo.

Nela eles tem um ambiente de sandbox que ajuda bastante a entender como ela fuciona.

Um outro fator pra se levar em conta também é a taxa cobrada por esses meios de pagamento, pelo menos na época que utilizei a do mercado pago tinha uma das menores taxas.