Eu acredito que não, já que FlutterFlow está na categoria low-code, e seria a plataforma deles que vai criar o código-fonte final, e não você manualmente.

Sobre os programadores fazerem alterações em detalhes do layout/ui, é normal mesmo, e pode ser por conta do funcionamento de alguma coisa específica da linguagem/framework que está sendo utilizada(o) ou da forma como eles querem que aquele item/seção funcione na prática, ou alguma outra necessidade/preferência. Você mesmo pode perguntar para o time dev para entender o motivo deles mudarem algumas coisas do UI, assim você vai saber o motivo e quem sabe levar isso em consideração em layouts futuros.