Gostei da estratégia, interessante e resolveu o problema.
O ideal é sempre ter um banco de dados só, mas ter 1 pra cada dia foi a primeira vez que vi, mas tendo em vista a regra de negócio da sua empresa, é o ideal.

Pelo o que entendi os dados são gravados brutos e durante a madrugada para serem acessados durante o dia. Uma estratégia seria utilizar procedures para levar registros de varias tabelas para criar uma tabela com os dados que serão de fatos utilizados e com menos relacionamentos possíveis, assim você teria consultas rápidas tbm.