Mas a vantagem do JS é exatamente essa "bagunça" como você tem falado. Se JS fosse feito de padrões como tem no Java e C# eu ja teria caido fora faz tempo, muito pelo contrário, eu posso criar meu próprio padrão que me torna produtivo ou o padrão que a equipe na empresa será produtiva.

JS mostra exatamente como a comunidade de desenvolvedores são, pessoas diferentes, níveis diferentes e sem maquiagem. Não adianta por exemplo obrigar a comunidade usar Angular, cheio de padrões sendo que segundo o StackOverflow Survey mostra que ele é um dos frameworks mais odiados, enquanto os melhores frameworks são os menos opinativos.