Bem, já faz bastante tempo que você postou isso, mas estava procurando como fazer justamente isso nesse post, não encontrei aqui mas acabei descobrindo.

Daria para fazer assim:

<input {...register("cnpj", {required: true, onChange: e => e.target.value = normalizeCnpjNumber(e.target.value) })} />

Espero que você já tenha resolvido, mas fica aqui a resposta.