ele é feito com WinForms/C# e com banco de dados local MySql
Não entendi o que você achou estranho nesse ponto.
A minha maior dúvida é como fazer essa integração ao SEFAZ de forma correta
É bastante complexo, tem muita coisa envolvida. Um projeto open-source que tem essas coisas muito bem resolvidas é o ACBr, apesar de ser escrito em Delphi a própria comunidade tem portes para C# e outras linguagens. Você vai economizar alguns anos de desenvolvimento se usar uma lib como essa.
No entanto...
No seu lugar contrataria algum serviço saas para realizar a parte fiscal, tipo a Nuvem Fiscal mas há vários nesse seguimento.
Assim você se concentraria na usabilidade e regras de negócio, e deixaria essa parte que já foi bem resolvida por outras pessoas como um serviço conectado.