Descansa militante, isso é um processo técnico que seria realizado independente de quem estivesse no poder, sendo ele do seu agrado ou não. Os números de CNPJ estão acabando, adicionar mais caracteres ou mudar o formato iria gerar mais problemas do que amplicar o alfabeto utilizado que hoje são de 10 caracteres possíveis vão passar para 36. A da maneira que apresentaram, o MOD11 continuará funcionando, ou seja, em muitos sistemas modernos a mudança mais signiticativa será na máscara do input.

Mas concordo com o OP, que alguns caracteres são graficamente parecidos e identiticos em alguns casos a depender da fonte utilizada, e acredito que retirá-los do alfabeto utilizado não iria prejudicar em praticamente nada.