É comum quando o software é criado com foco em desempenho a legibilidade do código é comprometida. Como o "clean code" é focado principalmente em legibilidade certamente isso gera um custo em algum momento.

Mas acredito que na maioria das aplicações comerciais modernas, esses gargalos de performance pode ser contornados com arquitetura, usando cache, filas de processamento assíncrono, etc.