Eu não sei se entendi sua pergunta, se você diz em deixar o "legacy-peer-deeps" ligado por padrão, você pode criar um arquivo .npmrc no mesmo nível de diretórios que o package.json e no conteúdo dele colocar:
legacy-peer-deps=true
Com isso não precisaria passar esse parâmetro ao npm install ou npm ci.
Mas novamente, não sei se entendi sua pergunta corretamente.
Bem, quero eu mesmo resolver as peer dependences para cada pacote.
Caso eu tenha um pacote com conflito de dependencias, basta criar uma peerDependencies com os pacotes listados no erro. Segue exemplo abaixo:
"peerDependencies": { "@angular/core": "^6.0.0" "@angular/core": "^7.0.0" }
Outra forma de adicionar a dependencia no projeto é executar o comando abaixo com a dependencia a ser adicionada e sua respectiva versão:
npm install --save-peer react^16.8.3 || ^17